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原核转录组测序

产品简介

原核转录组测序分析是针对原核微生物设计开展的转录银河国际·Galaxy测序分析研究。微生物在特定生境或时期中会表现出基因表达差异性,以此应对环境变化。由于原核生物mRNA没有polyA尾结构,所以需要去除核糖体RNA、构建链特异性文库等实验步骤,最终获得特定时期或者环境下微生物体内所有转录本(包括mRNA,非编码RNA等)的表达量差异信息及功能特征,从而找出关键的差异功能基因。

研究内容

1) 测序质量值分布统计;
2) 测序碱基质量控制;
3) 测序数据产出统计;
4) 与参考基因组比对分析; 
5) 基因表达定量; 
6) RNA-Seq整体质量评估:Insert长度检验;测序随机性分析;测序饱和度分析; 
7) SNP分析; 
8) 新转录本预测; 
9) 基因结构优化分析; 
10) UTR分析; 
11) 反义转录本预测;
12) 重复相关性检测(有生物学重复); 
13) 不同样品表达量对比(两个或以上样品); 
14) 差异表达基因筛。礁龌蛞陨涎罚 
15) 差异表达基因聚类分析(两个或以上样品); 
16) 差异表达基因的功能注释及富集分析(两个或以上样品): 差异表达基因GO功能富集;差异表达基因COG分类;差异表达基因KEGG注释;差异表达基因KEGG通路富集分析;
17) sRNA分析。

结果展示

送样建议

1) 样品类型:总RNA;
2) 样品浓度:≥50ng/?g;
3) RNA总量:≥2?g;
4) RNA纯度:OD260/280:1.8-2.0;OD260/230≥1.8,260处有正常峰值;
5) RNA完整度:RIN≥6.8。


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